1、菌落形态

在特定的培养基上，将待检测培养物稀释涂布或平板划线，适宜条件下培养后，同一平板上的单菌落的大小、形状、颜色、质地、光泽等是否相似；对于两种或以上形态的菌株，应再分别挑取单菌落划线或稀释涂布培养，检测是否重复出现相同特征。

2、细胞形态

对数生长期的培养物革兰氏染色反应应呈现一致性；细胞形状、大小、荚膜等特征应相似

3、芽孢大小、位置、形状

宜检测样品是否形成芽孢，对形成芽孢的菌种，其芽孢大小、位置、形状应相似。

二、酵母菌种纯度检测

1、菌落形态

应对菌落形态相似性进行检测。在特定的培养基上，通过对待检测菌株进行稀释或划线涂布平板获取单菌落，一定的培养条件下，比较同一平板内，菌落的大小、形状、颜色、隆起、表面状况、质地、光泽等是否一致。

2、个体形态

应对检测样品的个体形态进行检测。在指定的培养基及培养条件下，细胞形状、大小及细胞的增殖方式应一致。

3、繁殖方式

酵母繁殖的方式应一致，如是芽殖，出芽的方位、数量应一致。

三、丝状真菌菌种纯度检测

1、菌落特征

菌落的形态等表观特征应一致。

2、菌丝特征

在特定的培养基和培养条件下，菌丝分隔、菌丝形态等应一致。

3、其他主要显微特征应一致

4、检测是否有细菌污染

5、对于外观上不能确定菌种纯度的，利用单胞分离技术获得纯培养物进行对比，其菌丝、孢子等特征应与原始菌株的描述一致。